L'APESM est administrée par un Conseil d'administration composé de deux collèges : celui des organismes évaluateurs accrédités (personnes morales) et celui des évaluateurs (personnes physiques). Chaque collège élit ses propres représentants en Assemblée générale, pour un mandat de trois ans.
Le Conseil d'administration élit en son sein un Bureau (Président·e, Vice-Président·e, Trésorier·ère, Secrétaire), chargé de la gestion courante de l'association et de sa représentation auprès des tiers (HAS, COFRAC, CNSA, fédérations).
